Le chemin de fer en 1883
En 1838 le Conseil municipal de Jouy approuva le projet d’une ligne de chemin de fer Paris – Tours passant par la vallée de la Bièvre. Des projets se succédèrent dont celui de l’ingénieur Passedoit dit de « circumvallation », qui fut abandonné car il ne reliait pas les unes aux autres les lignes partant de Paris. Après bien des années de discussion le chemin de fer de Grande Ceinture, qui présentait de plus un intérêt stratégique, fut adopté et concédé en 1875 à plusieurs compagnies de chemin de fer concurrentes. Le tronçon incluant Jouy, soit Versailles-Juvisy, réalisé rapidement, fut ouvert en 1883.
La gare de Jouy est typique de cette ligne, dont les plans sont dus à l’ ingénieur des Ponts et Chaussées Luneau. Le tracé en fond de vallée coupe en deux le territoire communal ; les infrastructures furent implantées au milieu des prés d’étendage de la Manufacture, inoccupés depuis 1843 ; la voie traverse l’emplacement de ses bâtiments démantelés. Quatre passages à niveaux successifs dont un piéton permettent de nos jours encore de franchir les voies. Un site de triage militaire pour l’approvisionnement des forts de Villeras et Buc a occupé l’espace entre gare et bief.
Grâce à cette ligne, la ville de Jouy désenclavée. Les trains de voyageurs permettent aux jovaciens d’aller travailler à Paris et aux parisiens de venir se reposer à Jouy où les plus riches édifient des maisons de campagne. Toutefois le trafic marchandises (primeurs et produits maraichers) est resté longtemps plus important que celui des voyageurs. A la gare de marchandises Louis Blériot venait réceptionner des wagons contenant des pièces pour ses avions construits dans ses ateliers de Buc.
Elle a desservi aussi jusqu’en 1960 l’usine de produits chimiques voisine, puis les chais Marteau (sis au centre commercial).
Aujourd’hui cette ligne de banlieue (RER C) permet aussi aux trains de marchandises et aux TGV de contourner Paris. Un projet de fermeture des haltes voisines de Petit Jouy et Vauboyen a été il y a une dizaine d’années abandonné devant la colère des usagers.